Die evangelischen Christen (etwas über 10 % der Bewohner) in und um Poppenhausen leben in einer Diaspora.
Das Ebersberger Rittergeschlecht war im 14. Jahrhundert Mitbesitzer der Burg von Poppenhausen. Der Gersfelder Kirchenpatron Balthasar von Ebersberg, genannt von Weyhers, und Balthasar von Steinau, genannt Steinrück, bekannten sich zu den Lehren von Martin Luther und beriefen um 1537 einen Prediger namens Marcus Sebander in ihr Herrschaftsgebiet. Dadurch kamen die Bewohner von Poppenhausen und Umgebung in eine Verbindung zu dem evangelischen Pfarrsitz in Gersfeld.
Nach 1619 (Gegenreformation durch den Abt von Fulda) kam das Gebiet von Poppenhausen wieder unter katholischen Einfluss. Die wenigen evangelischen Christen in Poppenhausen wurden über die folgenden Jahrhunderte von Pfarrern aus Gersfeld betreut.
Der erste evangelische Christ im Ort war wahrscheinlich der Sattlergeselle Albert Jahn, der von 1894 bis 1944 in der Sattlerei Schönberg angestellt war. Wenn Albert Jahn zu Karfreitag in die Kirche gehen wollte, bekam er von seinem Meister einen Tag Urlaub. So konnte er nach Gersfeld laufen, um an dem Abendmahlsgottesdienst teilnehmen zu können. Albert Jahn verstarb 1949 und wurde auf dem hiesigen kirchlichen Friedhof bestattet.
Nach dem 2. Weltkrieg kamen viele Flüchtlinge, unter ihnen viele evangelische Familien, nach Poppenhausen und fanden u. a. Wohnung in den „Arbeitsdienstbaracken“. In den Jahren 1949/50 gab es für die evangelischen Christen in Poppenhausen keinen eigenen Kirchenraum. Daher schloss die damalige evangelische Kirchengemeinde mit dem katholischen Schwesternhaus in Poppenhausen einen Mietvertrag ab, um in der dortigen Kapelle Gottesdienste abhalten zu können. Auch andere Räume in der Schule oder in der Baracke des „Borromäusvereins“ (kath. öffentliche Bücherei) wurden für evangelische Gottesdienste und Veranstaltungen angemietet und genutzt.
Nach Fertigstellung der Grundschule in der Schulstraße konnten der evangelischen Kirchengemeinde von Poppenhausen in der alten Schule (Von-Steinrück-Platz, 1. Stock) Räumlichkeiten angeboten werden. Am 1. Advent 1956 war feierliche Einweihung des neuen evangelischen Gemeindezentrums am Vom-Steinrück-Platz, bestehend aus einer Kapelle mit Sakristei. Anwesend bei der Feier waren Dekan Schuster aus Fulda, Pfarrer Hermann Drüner und weitere Amtskollegen.
Am 1. Januar 1973 wurde die evangelische Kirchengemeinde Poppenhausen von der evangelischen Kirchengemeinde Gersfeld abgetrennt und in die evangelische Kirchengemeinde Dalherda umgepfarrt.
Da die evangelische Kirchengemeinde von Poppenhausen eine stetige Mitgliederzunahme erfuhr, bauten die evangelischen Mitbürgerinnen und Mitbürger im Jahr 1979 unter der Leitung ihres Pfarrers Karl Birkenstock eine neue Begegnungsstätte in der Eubestraße 6, das Melanchthonhaus. Das Haus ist gebaut als zweistöckiges Gemeindezentrum; im oberen Teil befindet sich der Kirchenraum mit Sakristei; im unteren Teil sind ein großer Gemeinderaum, Toiletten, eine Küche und die Heizung. Es finden regelmäßig Gottesdienste und andere Veranstaltungen im Melanchthonhaus statt. Gerne wird der große Gemeinderaum im Erdgeschoss auch für private Familienfeiern genutzt.
Seit 1. Januar 2021 gehört Poppenhausen durch die Fusion der Kirchengemeinden Hettenhausen und Dalherda zu der neu entstandenen Ev.-luth. Kirchengemeinde Hettenhausen – Dalherda. Pfarramtlich wurde der Gemeindeteil Poppenhausen bis Ende 2022 vom Pfarrer der Kirchengemeinde Bieberstein-Dipperz betreut; seit Januar übernimmt das der Pfarrer, der bisher nur für Hettenhausen und Dalherda zuständig war.
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(u. a. aus der Chronik von Hettenhausen anlässlich des 1050-jährigen Bestehens im Jahr 2006, nach den Aufzeichnungen des Chronisten Friedrich Waldschmidt, Hettenhausen sowie aus der Chronik der Kirchengemeinde Dalherda-Poppenhausen mit Aufzeichnungen von Günter Lueg)
